由于頻譜儀是一種比較貴重的綜合性儀器，一般每臺價格都在二十萬元以上，一旦損壞，相應的維修費用比較高，且維修周期比較長，因此使用時應格外小心。
首先，對于頻譜儀來說電源是非常重要的，在給頻譜儀加電之前，一定要確保電源接法正確，保證地線可靠接地。頻譜儀配置的是三芯電源線，開機之前，必須將電源線插頭插入標準的三相插座中，千萬不要使用沒有保護地的電源線，以防止可能造成的人身傷害。
其次，在對信號進行精確測量前，開機后應預熱三十分鐘，當測試環境溫度改變3—5度時，頻譜儀應重新進行校準。
第三，任何頻譜儀在輸入端口都有一個允許輸入的最大安全功率，稱為最大輸入電平。如國產多功能頻譜分析儀AV4032要求連續波輸入信號的最大功率不能超過＋30dBmW(1W)，且不允許直流輸入。若輸入信號值超出了頻譜儀所允許的最大輸入電平值，則會造成儀器損壞；對于不允許直流輸入的頻譜儀，若輸入信號中含有直流成份，則也會對頻譜儀造成損傷。記住這點非常重要，一般頻譜儀的最大輸入電平值通常在前面板靠近輸入連接口的地方標出。如果頻譜儀不允許信號中含有直流電壓，當測量帶有直流分量的信號時，應外接一個恰當數值的電容器用于隔直流。當對所測信號的性質不太了解時，我們可采用以下的辦法來保證頻譜儀的安全使用：如果有RF功率計，可以用它來先測一下信號電平，如果沒有功率計，則在信號電纜與頻譜儀的輸入端之間應接上一個一定量值的外部衰減器，頻譜儀應選擇最大的射頻衰減和可能的最大基準電平，并且使用最寬的頻率掃寬(SPAN)，保證可能偏出屏幕的信號可以清晰看見。我們也可以使用示波器、電壓表等儀器來檢查DC及AC信號電平