實際的PLC應用系統往往比較復雜，復雜系統不僅需要的PLC輸入／輸出點數多，而且為了滿足生產的需要，很多工業設備都需要設置多種不同的工作方式，常見的有手動和自動（連續、單周期、單步）等工作方式。

在設計這類具有多種工作方式的系統的程序時，經常采用以下的程序設計思路與步驟：

1.確定程序的總體結構

將系統的程序按工作方式和功能分成若干部份，如：公共程序、手動程序、自動程序等部份。手動程序和自動程序是不同時執行的，所以用跳轉指令將它們分開，用工作方式的選擇信號作為跳轉的條件。如圖5-54所示為一個典型的具有多種工作方式的系統的程序的總體結構。選擇手動工作方式時X10為“1”狀態，將跳過自動程序，執行公用程序和手動程序；選擇自動工作方式時X10為“0”狀態，將跳過手動程序，執行公用程序和自動程序。確定了系統程序的結構形式，然后分別對每一部份程序進行設計。

圖5-54 復雜程序結構的一般形式

2.分別設計局部程序

公共程序和手動程序相對較為簡單，一般采用經驗設計法進行設計；自動程序相對比較復雜，對于順序控制系統一般采用順序控制設計法，先畫出其自動工作過程的功能表圖，再選擇某種編程方式來設計梯形圖程序。

3.程序的綜合與調試

進一步理順各部分程序之間的相互關系，并進行程序的調試。